雖然，進出口代理公司在貨（huò）物進口、出口以及貨代物流、外匯財（cái）務核銷墊付等方麵擁（yōng）有著很大的優勢。但（dàn）是對於一些地（dì）區性區域外（wài）貿進出口貿易量的統計分析有著不方便之（zhī）處，對於企業（yè）本身也存在著局限性。比如：部分未取得（dé）自（zì）營進出口權的企業，加之不熟悉專業的進出口代（dài）理操作細節流（liú）程，隻（zhī）能委托（tuō）外省（口岸）進出口代理公司代理進出口貿易。而對於地方海關表示的不足之（zhī）處在於：一個地區的（de）部分進出口業務長期被外省企業代理，不僅（jǐn）導致企業利潤流失，還將減少（shǎo）我省的外貿統計數據，外貿數據隨代理公司被計入他省。”
    一些地方海關已經相繼出台政策，幫助部分加工貿（mào）易（yì）企業從（cóng）外貿進出口代理（lǐ）經營（yíng）轉型為自主經營（yíng），優勢是提高了外貿企（qǐ）業對外進出口自主經營的獨立性（xìng）。但對於綜合提高外貿公司的整體對外進出口貿易對話權，根本（běn）上還（hái）是需要提（tí）高企（qǐ）業自身的外貿進（jìn）出口專業性。